Le Centre Population et Développement a été créé en 1988 à l’initiative du Ministère de la Coopération, afin d’assurer une meilleure coordination des actions de la France dans ce domaine. Institué en tant que Groupement d’intérêt scientifique (GIS), il a été successivement dirigé par Francis Gendreau (IRD), Jacques Vallin (Ined), Alain Léry (INSEE), André Quesnel (IRD).
En 2008, le GIS Ceped s’est transformé en une Unité Mixte de Recherche (UMR 196 Université de Paris, Ined, IRD) pour répondre aux reconfigurations du panorama de la recherche et des universités françaises, et associe l’IRD et l’Ined.
Yves Charbit a été désigné par l’Université Paris Cité (anciennement Paris Descartes), l’IRD et l’Ined comme directeur de cette UMR de 2008 à 2013.
Étienne Gérard lui a succédé de 2014 à 2018.
Depuis le 1er Janvier 2019, Rigas Arvanitis assure la direction du Ceped.
Depuis 2015, l’Institut National d’Etudes Démographiques (Ined) n’est plus tutelle du Ceped.